I primi abitanti del Perú erano cacciatori/raccoglitori nomadi che vivevano in grotte nelle regioni costiere del paese. Il sito archeologico più antico, la grotta di Pikimachay, risale al 12.000 a.C. Prodotti come cotone, fagioli, zucche e peperoncini iniziarono a essere coltivati intorno al 4000 a.C. Più tardi, civiltà avanzate come quella di Chavín introdussero nel paese la tessitura, l'agricoltura e la religione. Verso il 300 a.C., questo popolo inspiegabilmente scomparve, ma durante i secoli diverse altre civiltà si distinsero, tra cui quelle dei Salinar, dei Nazca, di Paracas Necropolis e dei Wari (Huari). Verso l'inizio del XV secolo gli Incas avevano già acquisito il controllo di gran parte della regione, riuscendo perfino a estendere la loro influenza in Colombia e in Cile.

Tra il 1526 e il 1528, il conquistador spagnolo Francisco Pizarro esplorò le aree costiere del Perú e, attirato dalle ricchezze dell'impero inca, ritornò in Spagna allo scopo di raccogliere denaro e reclutare gli uomini per organizzare un'altra spedizione nel paese. Fece ritorno in Perú e, dopo aver marciato su Cajamarca, nel nord del paese, catturò, tenne in ostaggio e infine giustiziò l'imperatore degli Incas, Atahualpa, nel 1533. Nel 1535, Pizarro fondò la città di Lima, ma fu assassinato sei anni più tardi. La ribellione dell'ultimo capo inca, Manco Inca, finì ingloriosamente nel 1572 con la sua decapitazione.

I successivi due secoli furono un periodo pacifico, durante il quale Lima divenne il principale centro politico, sociale e commerciale dei paesi andini. Tuttavia, lo sfruttamento della popolazione indigena da parte dei conquistatori spagnoli portò, nel 1780, a una rivolta guidata da Tupac Amaru II. L'insurrezione ebbe vita breve e molti dei capi furono catturati e giustiziati. Il Perú rimase fedele alla Spagna fino al 1824, quando fu liberato da due stranieri: il venezuelano Simón Bolívar e l'argentino José de San Martín. Nel 1866 il Perú vinse un breve conflitto con la Spagna, ma fu umiliato dal Cile nella guerra del Pacifico (1879-1883), che si concluse con la perdita di redditizi giacimenti di nitrato nel deserto dell'Atacama. Nel 1941, il Perú entrò in guerra anche con l'Ecuador per via di una disputa di confine. Il trattato di Rio de Janeiro del 1942 concesse l'area a nord del Río Marañón al Perú, ma la decisione fu fortemente contestata dall'Ecuador.

Nel 1965, l'Esercito di Liberazione Nazionale organizzò azioni di guerriglia d'ispirazione cubana senza alcun esito, ma negli anni '80, una serie di scioperi su scala nazionale, accompagnati da una violenta insurrezione guidata dai guerriglieri del gruppo d'ispirazione maoista denominato Sendero Luminoso, portarono all'instabilità politica. In questo periodo guadagnò consensi anche un'altra formazione di guerriglieri, il Movimento Rivoluzionario Tupac Amaru (MRTA). Tuttavia, con la vittoria alle elezioni presidenziali del 1990 di Alberto Fujimori (erroneamente soprannominato El Chino, per via delle sue origini giapponesi) sul romanziere peruviano Mario Vargas Llosa e la cattura, nel 1992, dei leader del MRTA e di Sendero Luminoso, il paese cominciò a sperare in un prolungato periodo di pace. Nonostante la rapida crescita economica, la minaccia principale per la stabilità della nazione restava la disoccupazione e la conseguente povertà. Fujimori fu rieletto nell'aprile del 1995, con una larga vittoria sull'ex segretario delle Nazioni Unite, il generale Javier Pérez de Cuellar. Nel 1998 fu firmato un trattato con l'Ecuador, che risolveva pacificamente la controversa disputa sui territori di confine che durava da 57 anni, aprendo la strada all'aumento degli investimenti stranieri in entrambi i paesi. Nel novembre 1999, il Perú e il Cile hanno risolto la loro ultima disputa territoriale di lunga data in merito all'importante lingua di terra di Arica.

Il mondo ha osservato con interesse le elezioni svoltesi nell'aprile 2000, in occasione delle quali Alejandro Toledo, un indiano andino di umili origini divenuto un economista della Banca Mondiale, si candidò alla presidenza sfidando il già due volte presidente Alberto Fujimori. Una settimana prima che il paese si recasse alle urne per la seconda volta, Toledo inoltrò un reclamo formale al Comitato Elettorale Nazionale perché prestasse maggiore attenzione alla corruzione elettorale, una mossa che determinò una risposta dall'Organizzazione degli Stati Americani (OAS), la quale annunciava che l'Ufficio Elettorale Nazionale aveva bisogno di maggior tempo per correggere le 'carenze' riscontrate nelle operazioni di voto. Toledo istruì i suoi seguaci a scrivere 'No alla frode' sulle loro schede elettorali e all'ultimo momento si ritirò dalle elezioni.

Fujimori è risultato vincitore di quella controversa e manipolata competizione elettorale. Si è tuttavia ritirato dal suo terzo mandato presidenziale in novembre ed è tornato in Giappone, anche in seguito allo scandalo per corruzione di cui si era reso protagonista il capo dei servizi segreti, e suo fidatissimo collaboratore, Vladimiro Montesinos.

Alle elezioni del giugno 2001 è stato eletto Toledo, primo presidente indio, che ha sconfitto al ballottaggio lo sfidante Garcia, leader dell'Alleanza popolare rivoluzionaria americana (Apra). Il nuovo presidente è riuscito a far poco per ricucire i rapporti con il governo.

Nel giugno 2002 a Arequipa e in altre città del sud del paese sono scoppiati disordini contro la privatizzazione, con cessione alla società belga Tractebel, di due compagnie elettriche, in contrasto a quanto Toledo aveva promesso in campagna elettorale. La maggior parte della popolazione è contraria alle privatizzazioni e a investimenti da parte di società straniere poiché in passato il ricorso ad essi ha provocato l'aumento dei prezzi e la corruzione, con ben pochi benefici per i cittadini. Per arrestare i disordini il presidente ha sospeso ogni tentativo di privatizzazione. Ne è conseguito il rimpasto del governo.

Dopo le amministrative di novembre il movimento del presidente, Perù possibile, ha ottenuto soltanto un governatorato su venticinque, mentre undici amministrazioni regionali sono andate al principale partito d'opposizione, l'Apra di Garcia, e le restanti tredici sono state affidate a candidati indipendenti. Per la prima volta in Perù le autorità regionali sono state liberamente elette ed è stato un importante passo verso la riforma dello stato. Il decentramento amministrativo voluto dal presidente sarà il terreno su cui proseguirà il confronto tra Toledo e Garcia.

Alla fine di maggio 2003, il presidente ha annunciato di aver affidato alle forze armate il controllo interno del paese scatenando l'immediata reazione della popolazione con scontri e scioperi a Huaraz, Chiclayo, Tacna e Iquitos, blocchi stradali a Pativulca e a Huancavelica. Toledo ha instaurato lo stato di emergenza che priva delle principali garanzie costituzionali, e in particolare della libera circolazione e dell'inviolabilità del domicilio. Questa misura è stata confermata per altri 60 giorni a partire dal 29 settembre 2003. Sono state segnalate anche nel 2004 attività di gruppi terroristici che operano sulla scia di Sendero Luminoso e per questo motivo lo stato d'emergenza vige ancora in alcune località nei dipartimenti di Ancash, Apurímac, Ayacuho, Huancavelica, Huánuco, Ica, Junín, Pasco, San Martín e Uc.

Benché sia ricercato dall'Interpol, dal Giappone l'ex presidente Fujimori ha già iniziato la sua campagna elettorale a distanza, usando Radio Miraflores, per candidarsi alle presidenziali del 2006.